ד`ר מוהנד מוסטפא מרצה במרכז ללימודים אקדמיים אור יהודה ובאוניברסיטת חיפה. חוקר בבית הספר למדעי המדינה באוניברסיטת חיפה. ובמרכז `דיראסאת` ־ המרכז הערבי למדיניות ומשפט בנצרת, וחוקר עמית במרכז מדא אלכרמל המרכז הערבי למחקר חברתי יישומי. ד`ר מוסטפא עוסק במחקרו בחברה הערבית בישראל, דפוסי השתלבות פוליטית, שלטון מקומי, השכלה גבוהה, ואסלאם פוליטי. עבודת הדוקטורט שלו דנה בנושא האסלאם הפוליטי והדמוקרטיזציה במזרח התיכון.
הוא פרסם מאמרים רבים בשפות אנגלית, עברית וערבית, כמו כן פרסם כמה ספרים בשפה הערבית, ב 2014 פרסם את ספר `השלטון המקומי בחברה הפלסטינית בישראל` בעריכה משותפת עם ד`ר יוסף ג`בארין, ושוקד כעת על כתיבת שני ספרים באנגלית: אחד על החברה הערבית בישראל, שייצא לאור בקרוב, והשני על האביב הערבי 2011.
ד`ר מוסטפא חוקר ומרצה אורח כעת באוניברסיטת קיימברידג` באנגליה.